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检验的对象必须是经中试生产所得的连续三个批次的样品。小试弄出的样品是不能作为自检用的。这三个批次应与注册检签的样品相同。对于备案产品，如果备案检验和自检是在同家检测机构进行.那么必须是不同的三批样品。自检的操作主体是申请企业或备案人。而不需像注册检验和备案检验一样必须由国家认可的检测机构来进行，可自行检测。自检应按照企业为该产品制定的技术要求进行全项检验。所谓全项就是技术要求里规定的所有项目，不能有任何一项漏检。并且在检验时应严格按照技术要求里规定的检验方法进行,不能自行采用其他方法。例:技术要求里规定大肠菌群采用GB4789 3 MPN计数法来检测 .检测时就必须采用此法，如果用了平板计数法就是不台规的。
含特殊原料的南京保健食品注册：如产品含有红景天、芦荟、藻类等原料应提供该原料的品种鉴定报告。减肥类保健食品：所有减肥食品在申报时，必须先经同批样品的兴奋药物检测，检测通过者,方准进行毒理学试验.和功能学试验。申报抗疲劳功能的保健食品：申报抗疲劳功能的保健食品除常规要求的试验项目外,还需要进行国际奥委会禁用药物项目的检测。我国目前可以进行此项检测的权威机构是国家体委运动医学研究所兴奋剂检测中心。含有真菌类原料的保健食品：请参见《真菌类保健食品评审规定》。含有益生菌微生物类保健食品：在申报材料中,应有此类保健食品所用微生物的菌种鉴定报告。
