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根据《保健食品注册管理办法》的规定，国家食品药品监督管理局负责确定承担保健食品试验、样品检验和复核检验的检验机构。进口保健食品必须在国家CDC进行试验，从2013年的南京保健食品注册检验机构遴选后，其它认定的检验机构也可以为进口保健食品进行注册检验。承担样品注册检验的机构不能再承担该样品的复核检验。
检验机构对申报者委托检验的样品进行检测包括：卫生学试验，功效或标志性成分检测，稳定性试验（安全性评价、动功学试验、试食）复核检验机构对申报者新生产的三批样品，按产品技术要求（功稳卫）进行的复核检测。抽样检验，市场监督管理局以购买方式获取样品（履行相关抽样程序），交由检验机构根据产品技术要求，对样品进行检测。
